دانشگاه صنعتي شريف، مرکز تحقيقات فيزيک نظري و رياضيات(IPM) و دانشگاه تربيت مدرس به ترتيب بيشترين سهم را در انتشار مقالات فناوري نانوي ايران در سالهاي 2001 تا 2005 داشته‌اند.
بر اساس مطالعه کارگروه تحليل و پيمايش ستاد توسعه فناوري نانو که در مورد آمار مقالات ISI محققان ايراني در سالهاي 2001 تا 2005 انجام شد، دانشگاهها سهم عمده توليد علم در اين فناوري را به عهده داشته‌اند و مراکز تحقيقاتي با فاصله زياد پس از آنها قرار دارند و اين در حالي است که از نظر بودجه و امکانات در سطح پايينتري نسبت به موسسات و مراکز تحقيقاتي قرار دارند. نگاهي به رده‌بندي اين سازمانها نشان مي‌دهد که در بين 15 عنوان اول تنها نام دو مرکز تحقيقات به چشم مي‌خورد. در ميان دانشگاههاي کشور دانشگاه صنعتي شريف با 57 مقاله از تعداد 268 مقاله چاپ شده در مقام نخست قرار دارد. پس از دانشگاه شريف مرکز تحقيقات فيزيک نظري و رياضيات با 46 مقاله در رده دوم قرار دارد. دانشگاههاي تربيت مدرس و تهران رشد قابل توجهي داشته‌اند و در کل رتبه‌هاي سوم و چهارم را بخود اختصاص داده‌اند.
سازمان انرژي اتمي ايران نيز با 11 مقاله در رده دوم مراکز و موسسات تحقيقاتي و رده پانزدهم کل دانشگاهها و سازمانهاي کشور قرار دارد.
جدول زير رده‌بندي دانشگاهها و مراکز علمي ايران را که در محدوده زماني مذکور بيش از 10 مقاله ISI در فناوري نانو منتشر کرده‌اند نشان مي‌دهد.

لازم به ذکر است تعداد مقالات نانوفناوري محققان ايراني در سال 2006 به 250 مقاله رسيده و با رشد 100 درصد نسبت به سال گذشته (125 مقاله در سال 2005) در رده سي و دوم جهان ونخست کشورهاي اسلامي قرار گرفته است.